קורות חיים
בנם של יעקב וזהבה. נולד ב-5.6.85, ט"ז בסיון תשמ"ה.
יהונתן נולד וגדל בנתניה. את לימודיו היסודיים עשה בבי"ס "תחכמוני" בעיר. לאחר מכן למד בישיבה התיכונית בני עקיבא. ואחרי סיום הלימודים הצטרף לישיבת ההסדר בקרני שומרון, ונחשב לאחד התלמידים הבולטים בישיבת ההסדר. "יוני היה אדם שכל הזמן חייך. תמיד היה מוכן לעזור, חבר של כולם, ולא היה לו אף שונא" מספרים חבריו, "אם שני חברים רבו - הוא תמיד היה מפריד ומפשר בניהם. היה משכין שלום ומסדר את העניינים כדי שכולם יהיו מחייכים. איפה שיכל להתנדב הוא היה מתנדב".
לצה"ל התגייס במרץ 2005 במסגרת שירות הבנ"שים.
"יוני אהב את השירות הצבאי בעיקר בגלל המצווה של הגנת המולדת וידע שמדובר בשליחות" סיפר חברו, "לפני שבועיים הוא בא לאפטר של 24 שעות וסיפר כי בלבנון מפחיד, אבל אם כבר למות, אז הוא מעדיף למות בלבנון על קידוש השם והגנת המולדת ולא מאיזו קטיושה, כאילו הוא כבר ידע שגורלו נחרץ".
יהונתן אהב מאוד את הוריו ומשפחתו ותמיד דאג לעזור בבית בכל הזדמנות ולהרגיע את הוריו שלא ידאגו לו: "הכול דבש אמא, אין לכם מה לדאוג בכלל"- תמיד היה מרגיע.
חבריו ליחידה מספרים: "בכל פעם שקראנו תהילים אמרנו, בואו נכוון לזה שנצא מחר הביתה ויוני תמיד תיקן אותנו ואמר, אל תכוונו לזה- תכוונו את קריאת התהילים לזה שתיגמר המלחמה ויחזרו החטופים לביתם בשלום".
אביו יעקב מספר שבכל תקופת שירותו, היה יהונתן מעט מאוד בבית:
"בכל שבת או חג שהיו צריכים לצאת הביתה הוא היה מתנדב להישאר ותמיד היה מסביר: 'יש חיילים שיותר חשוב להם לצאת השבת, אני אשאר במקומם' ".
אימו זהבה אמרה לאחר מותו של בנה: "אלוקים נתן לי במתנה יהלום לפני 21 שנים, והיום הוא לקח אותו בחזרה קרוב אליו".
את שירותו הסדיר היה אמור לסיים לפני מספר ימים לפני התקרית ולחזור לישיבת ההסדר בקרני שומרון, בה למד לפני גיוסו. אלא שבעקבות המצב הביטחוני הוארך שירותו.
ביום שבת, ה-12 באוגוסט, י"ח באב, בזמן פעילות מבצעית בה היה סמ"ר יהונתן אנקונינה בשטח אויב, תוך התקדמות להשתלט על בית בדרום לבנון נפגע יהונתן מצרור יריות של החיזבאללה ונהרג. גופתו חולצה תחת אש לאחר מאמצים רבים.
סמ"ר יהונתן אנקונינה הובא למנוחת עולמים ביום ראשון, ה-13 באוגוסט 2006 י"ט באב, בבית העלמין הצבאי בנתניה.
יהונתן הותיר אחריו הורים - יעקב וזהבה, שני אחים גדולים - אריאל וצחי ואחות קטנה - דינה.