בפברואר 1969 נפטר ראש הממשלה, לוי אשכול וגולדה מאיר נבחרה לראשות הממשלה.
ב-8 במארס - שלושה ימים לאחר שהגיע לאזור שליח האו"ם גונאר יארינג לסבב שיחות נוסף- פתחו המצרים בשרשרת הפגזות ארטילריות וצליפות לעבר מוצבי צה"ל. הפעולות האלה נועדו להסלים את המצב בגזרה. מטוסים מצריים חדרו לסיני, וקרבות ארטילריה התחוללו לאורך התעלה. כוחות צה"ל הגיבו בהפגזות עזות בהן נהרג רמטכ"ל צבא מצריים, עבד אל- מונעם ריאד, שהיה ב-9 במארס בסיור באזור התעלה.
במשך החודש המטירו המצרים פעמים רבות אש ארטילרית על מוצבי צה"ל וגרמו לתקריות בכל הגזרה. בתקריות הללו נהרגו חמישה חיילי צה"ל ועשרים ותשעה נפצעו. מטוס פייפר ישראלי נפל וטייסו נהרג. בקרב המצרים נהרגו עשרות קצינים וחיילים. מערך הביצורים שלהם ומפעלים, בהם בתי-הזיקוק בסואץ, נפגעו. כמו- כן טובעו כמה כלי-שיט מצריים. בעקבות התקריות נטשו מאות אלפים מתושבי ערי הגדה המערבית של התעלה את בתיהם ונמלטו מערבה.
משנוכחו המצרים כי המעוזים עמידים בפני ההפגזות הכבדות הם שינו את דרך הפעולה ונקטו את שיטת "הטפטופים", שנועדה לתפוס את הלוחמים לא מוכנים. במקום הארטילריה הכבדה הוצבו מרגמות 60 מ"מ ו-82 מ"מ. במהלך האביב ובראשית הקיץ תקפו יחידות קומנדו מצריות את המעוזים. כל פשיטות הפתע על המעוזים נהדפו, אך הם גבו גם קורבנות רבים מקרב מגני המעוזים. כמו כן המשיכו המצרים בהצבת מארבים, במיקוש דרכים ובהתקפות מטוסים.
ב-23 ביוני 1967 הכריז נשיא מצרים: "איני יכול לכבוש את כל סיני אבל אני יכול להתיש את ישראל ולשבור את רוחה". 24 באפריל 1969 הכריזה מצרים,כי היא רואה את הסכם הפסקת האש מיוני 1967 כמבוטל. לנוכח התגובות השליליות של מדינות שונות חזרה בה מצרים מהחלטתה.
השם מלחמת ההתשה הוא מצרי ומקורו בהערכת הממרים כי יוכלו לעבור לשלב הבא בלחימה, להתיש את ישראל ולאלצה לסגת מהשטחים שכבשה במלחמה.